ملاصدرا و دکارت دو فیلسوف بزرگ و هم‌عصری هستند که انسان را دو ساحتی و متشکل از دو جوهر نفس و بدن می‌دانند. وجه اختلاف دکارت و ملاصدرا در نحوه ارتباط نفس و بدن است. دکارت تمایز نفس و بدن را ذاتی دانسته و به عبارت دیگر به ثنویت ذاتی قائل شده است. وی نفس را مستقل ،متمایز و مجرد از بدن می‌داند. اما صدرا نفس را متحد با بدن دانسته که در آغاز جسمانی بوده وبر اساس حرکت جوهری به تدریج مسیر تکاملی را طی می‌کند. ثنویت دکارتی با ابهامات و اشکالات متعددی روبرو شده است. زیرا طبق تعریف دکارت، نفس کاملاً متمایز از بدن بوده و هیچ نیازی به بدن ندارد. از سوی دیگر به‌نوعی از ارتباط وتاثیر متقابل نفس و بدن اشاره کرده که راه‌حل ارایه شده از سوی وی مبنی بر چگونگی ربط امر مجرد با مادی قانع‌کننده به نظر نمی‌رسد. لکن مطابق دیدگاه ملاصدرا، نفس و بدن هر کدام مرتبه‌ای از مراتب دیگری محسوب می‌شوند و تمایز آن دو ذاتی نبوده بلکه به صورت مرتبه‌ای است. به عبارت دیگر صدرا به‌نوعی به ثنویت تشکیکی قائل است. صدرا با نظر به اصول فلسفی خود ،همچون تشکیک وجودی، جسمانی الحدوث نفس و حرکت جوهری،  رابطه نفس و بدن را به‌گونه‌ای تبیین نموده که نه‌تنها دچار اشکالات دکارت نمی­شود بلکه ضمن رفع اشکالات، پاسخ‌های معقول‌تری ارائه داده است. از نظر صدرا نفس در ابتدا از صورت جسمانی برخوردار بوده و سپس در اثر حرکت جوهری به مراتب عالی و کمال نائل می‌شود. وجه اشتراک در نظریه دو فیلسوف، این است که هردو نفس را امر مجرد و جاویدان می‌دانند که مقابل دیدگاه یگانه انگاری یا مادیگرایانه قرار دارد.