آباء کلیسا در شورای نیقیه به طور ضمنی تأیید کردند که عقل فلسفی می­تواند در قلمرو الهیات وارد شود. قدیس توماس آکوئیناس در همین راستا با استفاده از عقلی که به نور ایمان منور گشته بود فهمی نظام‌مند از عقاید ایمانی ارایه داد. ابزار او یک مابعدالطبیعة پیشرفته در خصوص علیت، یک معرفت‌شناسی و روان‌شناسی منسجم و، مهم‌تر از همه، یک آموزة مشروح در خصوص شباهت وجودی میان خالق و مخلوق بود. بدین ترتیب توماس الهیات عقلانیِ نظام­مندی عرضه کرد که اوج قرن­ها تفکر جمعی آباء کلیسا و حکماء مدرسی محسوب شد. البته او همواره مراقب بود که راز تعالی الهی را حفظ کند و به همین دلیل تأکید می­کرد که علم انسان به خدا به جهل ختم می‌شود. ما نمی­توانیم بدانیم خدا چه هست بلکه فقط می­توانیم دریابیم او چه نیست. اما این اعتراف به جهل به آسانی و در ابتدای تحقیق صورت نگرفت، بلکه نتیجۀ تحقیقی پیچیده و پرزحمت بود. چنین جهلی نوعی علم است. از این رو، الهیات توماس، به رغم ظاهر سلبی‌اش، دارای ارزش معرفتیِ ایجابی است.